De meeste inheemse vogels en zoogdieren zijn in Nederland beschermd. Sommige van die dieren kunnen echter schade veroorzaken aan landbouwgewassen of vee, de zogenaamde faunaschade. Wanneer er sprake is van faunaschade, kan een grondgebruiker mogelijk in aanmerking komen voor een tegemoetkoming. BIJ12 behandelt tegemoetkomingsaanvragen namens de provincies. Belangrijk is dat de aanvraag voor een tegemoetkoming binnen zeven werkdagen nadat schade van enige omvang is geconstateerd wordt ingediend en dat er voldoende preventieve maatregelen zijn genomen. Voor het indienen van de aanvraag is € 300 aan leges verschuldigd (behalve in Limburg), welk bedrag in de meeste gevallen terugbetaald wordt als de aanvraag wordt goedgekeurd.
Wanneer gronden worden gepacht van een terreinbeherende organisatie, komt men mogelijk niet in aanmerking voor een tegemoetkoming. Er wordt dan gekeken of de pachtovereenkomst beperkingen ten aanzien van het landbouwkundig gebruik bevat. Het gaat daarbij om beperkingen ten aanzien van bijvoorbeeld bemesting, gebruik van chemische middelen, beweiding en maaien, die een belemmering vormen voor normaal landbouwkundig gebruik van gronden. In dergelijke gevallen behoort de schade tot het ondernemersrisico en wordt de grondgebruiker niet gecompenseerd. Ook een lagere pachtprijs kan een aanwijzing vormen voor beperkingen in het landbouwkundig gebruik.
Enkele landbouwers, die meenden dat de opgelegde beperkingen geen beperking vormden voor het landbouwkundig gebruik – zij wisten ondanks de beperkingen normale opbrengsten te realiseren – vonden geen gehoor bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State respectievelijk de rechtbank. Hun schade was daarom volgens beide rechters terecht niet vergoed.