Bij de problematiek rondom Natura 2000-gebieden ging het tot op heden eigenlijk alleen over stikstof. Maar op 18 juni 2021 oordeelde de Rechtbank Noord-Nederland dat een lelieteler nabij een Natura 2000-gebied mogelijk een natuurvergunning zou moeten hebben in verband met het toepassen van drainage en het gebruik van gewasbeschermingsmiddelen.
In die zaak had een milieuvereniging de provincie verzocht handhavend op te treden tegen de lelieteler. De provincie voerde aan dat de betrokken lelieteler al lelies teelde vóór 7 december 2004, de datum waarop de verplichtingen van de Habitatrichtlijn van toepassing werden op het betrokken Natura 2000-gebied (referentiedatum). Hierom zou de teelt niet aan een passende beoordeling zijn onderworpen of vergunningplichtig zijn. De rechtbank ging daar niet in mee, omdat het aantal hectares lelies na de referentiedatum fors was uitgebreid. Daardoor kon er sprake zijn van significante effecten op het Natura 2000-gebied. Dat betekende dat er onderzoek had moeten plaatsvinden naar de effecten van drainage en het gebruik van gewasbeschermingsmiddelen. De enkele stelling van de provincie, dat bestrijdingsmiddelen in zijn algemeenheid worden onderzocht door het CTGB, ook op effecten voor de natuur, was naar het oordeel van de rechtbank onvoldoende. Uit onderzoek blijkt dat restanten van bestrijdingsmiddelen op afstanden van meer dan 250 meter neerslaan.
De uitspraak maakt duidelijk dat voor bepaalde teelten een natuurvergunning nodig kan zijn. Of dit daadwerkelijk het geval is, hangt van verschillende factoren af. Er zal in ieder geval aangetoond moeten worden dat de teelt geen significante gevolgen heeft voor Natura 2000-gebieden. Dat brengt extra onderzoeken met zich mee.